Quando do descobrimento do Brasil pelos portugueses em 1500, já existia, na região, a Aldeia dos Índios Peruíbe. No sistema de Capitanias Hereditárias implantado pela Coroa Portuguesa em 1534 para a colonização do Brasil, o território onde hoje localiza-se Peruíbe pertencia à Capitania de São Vicente, cujo donatário era Martim Afonso de Sousa.

Mas a história de Peruíbe está intimamente ligada ao estabelecimento dos padres jesuítas pelo litoral do estado de São Paulo.^[7] Em 1549, chegou o padre Leonardo Nunes para fazer a catequese dos índios, no local onde já havia sido construída a Igreja de São João Batista.^[8] Os indígenas o apelidaram de Abarebebê ou Abaré-bebé (termo que, traduzido do tupi antigo, significa “Padre Voador”, através da junção de abaré, “padre” e bebé, “voador”),^[9] pois parecia estar em vários locais ao mesmo tempo.^[10] Restos desta igreja são conhecidos hoje como Ruínas do Abarebebê. Em 1554, foi a vez de o padre José de Anchieta chegar ao aldeamento.

Em 1640, passou a ser conhecida como Aldeia de São João Batista e, em 1789, os padres jesuítas foram expulsos do Brasil. A aldeia, abandonada, entrou em declínio, tornando-se uma pacata vila de pescadores, sempre submetida ao município de Itanhaém.

Em 1914, a construção da Estrada de Ferro Santos-Juquiá trouxe novos habitantes. A bananicultura se espalhou pela região. Nos anos 1950, com a construção de rodovias para o Litoral Sul, a atividade comercial, especialmente a imobiliária, começa a crescer, sendo realizado um plebiscito para definir a emancipação política de Peruíbe, em 24 de dezembro de 1958, proposto pelo então vereador de Itanhaém, Geraldo Russomano.